البداية عندما قرر التمرد على اتحاد الكتاب، بعدما قرر الاتحاد الوقوف بجانب الدولة والمساهمة في مشروع تطوير قناة السويس، الذى شارك فيه مئات الالآف من المصريين حبًا في الوطن، أو كنوع من الاستثمار، وجمع وقتها أكثر من 60 مليار جنيه، ومشاركة الاتحاد جاءت حبًا في الوطن، إضافة إلى الحصول على أعلى ربح ممكن يقدمه بنك أو مؤسسة في ذلك الوقت.

قرر يوسف زيدان وقتها تقديم استقالته التي وصفها بالمسببة وجاء في أسبابها "شراء الاتحاد من ميزانيته الخاصة لأسهم بملايين الجنيهات في مشروع تطوير قناة السويس".

ولم يكتف بهذا بل وصل تدخله في الأمر إلى رفضه تعيين بعض الشخصيات في مناصب قيادية، باعتبارها لا تصلح حسب وصفة، وقرر الاستقالة من مكتبة الإسكندرية.

وهدد الكاتب يوسف زيدان، بالتوقف عن الكتابة وعدم المشاركة في الفعاليات الثقافية، وخرج مع الإعلامي محمود سعد في برنامج «آخر النهار»، على قناة «النهار»، ليهاجم الدولة والنظام لاختيار البعض لمناصب قيادية ثقافية.

وعاد مرة أخرى ليتراجع عن قراره ويعود مرة أخرى للمشاركة في الفعاليات الثقافية ويقول إنه لا يتوقف عن الكتابة.

واستمر في حالة الرفض والهجوم على وزير الثقافة السابق جابر عصفور، لتوليه الوزارة وهو عمره فوق السابعين عامًا، كما انتقض تشكيل المجلس الأعلى للثقافة من أشخاص أعمرهم تزيد عن 70 عامًا، وواصل هجومة قائلا: «بعضهم لا يستطيع القيام من على الكرسي».

وتابع أنه اكتشف وجود إسماعيل سراج الدين في المجلس الأعلى للثقافة رغم تجاوز عمره السابعين عامًا، إضافة إلى توجيه تهمة له "تكسف" ومرتبطة بإهدار المال العام.

والجدير بالذكر أن الكاتب يوسف زيدان شكك في وطنية الزعيم أحمد عرابي، في حواره مع الإعلامي عمرو أديب، بعد هجومه أيضا على السلطان صلاح الدين الأيوبي.